Tout d'abord, vous lancez un jeu, vous faites la configuration de touches que vous souhaitez.
Une fois que tout fonctionne comme vous le souhaitez, fermez MAME.
Dans le dossier de l'émulateur, vous aurez deux dossiers et un fichier qui vont nous servir. Dossiers : cfg et ctrlr / Fichier : mame.ini

Rendez-vous dans le dossier Emulateurs/MAME/cfg et copier le fichier default.cfg

Ensuite, allez dans le dossier Emulateurs/MAME/ctrlr et collez votre fichier en le nommant comme vous le souhaitez (exemple ici : X360.cfg pour les manettes XBox)

Une fois collé et renommé, ouvrez le fichier mame.ini et cherchez la ligne "ctrlr"
Il ne vous reste plus qu'à entrer le nom de votre fichier cfg sans l'extension.

Voilà, si vous branchez un autre controller, celui-ci sera automatiquement reconnu quand vous le rebrancherez.
J'espère que ça aidera
