Prenons l'exemple de la Super Nintendo Entertainment System:
RetroArch refusait de save le core que javais choisi et me mettait "bsnes_balanced_libretro" par defaut,
du coup dans le répertoire de configuration cela me créait un "bsnes_balanced_libretro.cfg" en plus de mon "Super Nintendo Entertainment System.cfg" dansl e repertoir config
forcement car le fichier etait changer et la sauvegarde automatique créait le nouveau fichier
la faute est au Modul HL3 qui de base nous met le bsnes.
La solution:
Il faut éditer le module sous HL3 et créer aussi le fichier de config.
ci-dessous une capture de fenêtre

on retrouve a gauche la ligne a éditer. Donc ici choisir le core désiré ( dans notre cas "snes9x_next_libretro")
et a droite le nom du système au nom exact et sans les " _ " car sous HL3 le module s'occupe de tout)
Certain avait peu être déjà trouvé mais perso je galérais avec ce soucis depuis le début sous Retroarch
J’espère que cela vous sera utile